(1) Pemilihan peralatan. Terdapat beberapa masalah dalam pemilihan peralatan farmasi, seperti pemilihan berdasarkan pengalaman (tanpa perhitungan aktual, atau perhitungan data yang tidak memadai), pengejaran kemajuan secara membabi buta, dan investigasi data fisik yang tidak memadai, yang secara serius memengaruhi kepraktisan dan keekonomisan peralatan.

(2) Instalasi dan pelatihan peralatan. Dalam proses instalasi peralatan farmasi, progres konstruksi seringkali hanya diperhatikan, sementara kualitas konstruksi diabaikan, sehingga menyebabkan peningkatan biaya perawatan peralatan di kemudian hari. Selain itu, pelatihan yang tidak memadai bagi personel pemeliharaan dan operasional peralatan juga menimbulkan risiko bagi manajemen dan pemeliharaan peralatan farmasi.

(3) Investasi yang kurang memadai dalam manajemen dan pemeliharaan informatisasi. Saat ini, meskipun banyak perusahaan sangat mementingkan manajemen dan pemeliharaan peralatan, serta pengelolaan catatan pemeliharaan peralatan dan pencatatan parameter dasar, masih terdapat beberapa masalah, seperti sulitnya menyediakan data pemeliharaan berkelanjutan dan kurangnya informasi spesifikasi peralatan farmasi yang efektif, seperti spesifikasi, gambar, dll., yang secara tidak kasat mata meningkatkan kesulitan manajemen, pemeliharaan, dan rekonstruksi peralatan.

(4) Sistem manajemen. Kurangnya sistem dan metode manajemen yang efektif mengakibatkan manajemen personel pemeliharaan peralatan farmasi kurang memadai, pekerjaan personel pemeliharaan kurang terstandarisasi, dan proses manajemen dan pemeliharaan peralatan farmasi masih menyisakan bahaya keselamatan tersembunyi.